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理论上两种方法都可以，但是建议分开，为长远做考虑。举个最简单的例子，以后thinkphp出新版本了，如果需要改造业务逻辑这边的部分代码才能适配，你肯定只能分开升级几个站不可能做到同时把所有站的代码都改写了，到时候你的thinkphp如果还是公用的就会带来麻烦了
iis站点thinkphp使用规划资咨询
一个iis下有四五个站点，是分别用四五个thinkphp框架各自为政呢，还是都放到一个tp中，分不同的moduel呢